Jennie Öberg, Piteå Elit, gick vidare från kvalet men åkte ut i kvartsfinalen där hon blev femma i sitt heat.
Segern var Nilssons femte för säsongen och hon har fortfarande chansen att bli sprintdrottning i världscupen.
Det blev en lysande svenskdag i Drammen – i alla fall på damsidan.
Tre svenskor tog sig till final och Ida Ingemarsdotter tog en femteplats.
Stina Nilsson ledde från start till mål och vann med nästan en halv sekund före Krista Pärmäkoski, Finland.
Hanna Falk var 1,26 efter Stina Nilsson på sin tredjeplats.
Nyblivna världsmästaren Maiken Caspersen Falla, Norge, tog sig inte ens vidare från kvalet – och därmed lever sprintcupen inför finalen i kanadensiska Quebec.
– Jag trodde att Maiken skulle ta den i dag. Det är kul att det lever men jag tror fortfarande på henne, sade Nilsson i en kort segerintervju efter målgången.
I herrklassen blev Sverige utan representation i finalen. I stället gjorde fem norrmän och ryssen Sergej Ustiugov upp i finalen. Det blev dubbel norskt, Eirik Brandsdal krossade motståndet och vann med 2,55 sekunder före Johannes Høsflot Klaebo.
Ustiugov slutade trea och Petter Northug missade pallen och blev fyra.
Emil Jönsson drog på sig ett gult kort i kvalet, och när han sedan snubblade till inför starten i sitt kvartsfinalheat räknades det som en tjuvstart och han fick sitt andra gula kort – och diskvalificerades.
Inte heller Teodor Peterson eller Oskar Svensson tog sig vidare från sina kvartsfinaler. (TT)