Skellefteå har nu tagit poäng i fjorton SHL-matcher i rad.
Topplaget inledde med tre mål i första perioden men Karlskrona gav inte upp och reducerade till 3-2 i mittrundan.
– Vi släpper in dem lite där, tråkigt att de får göra två mål, men Mattias Guter är duktig, säger Markus Svensson, Skellefteås målvakt.
Den 27-årige stockholmaren med ett förflutet i Djurgården blev dubbel målskytt för Blekingelaget.
Först drog Mattias Guter i numerärt överläge iväg ett högt skott från tekningscirkeln som gick i mål.
"En bra straff"
Tre minuter senare tog han hand om en straff sedan Jimmy Andersson dragits omkull när han var på väg att bli helt fri med Markus Svensson.
Karlskronaanfallaren åkte rakt mot mål, gjorde en snabb dragning och sköt till vänster.
– Pucken tog på klubban innan den gick in. Det var en bra straff, säger Markus Svensson.
Skellefteå såg chockat ut efter 3-2-reduceringen men tog tag i taktpinnen igen i tredje perioden.
Andrew Calof fastställde slutresultatet till 4-2 från högra tekningscirkeln efter fyra minuter.
– Han fick lite för mycket tid att sikta. Det där skulle vi inte ha släppt in, säger Ove Molin, assisterande tränare i Karlskrona.
– Jag tycker vi gör en bra match men vi var inte med från början och ger dem ett 3-0-försprång. Och det funkar inte mot ett av Sveriges bästa lag, säger han.
Skellefteås Janne Pesonen har opererats för en överkoppsskada och blir borta fram till slutspelet.
Lagets back Fredrik Lindgren har också opererats och blir borta två veckor.
Sist med åtta poäng
SHL-nykomlingen har bara en seger på de senaste 16 matcherna och ligger på fjortonde plats, sist i tabellen, med bara åtta inspelade poäng efter 20 omgångar. Nästjumbon Modo har 16 poäng.
– Vi tänker fajtas hela säsongen för att undvika att sluta på plats 13 och 14, säger Ove Molin.
– Ska vi klara det krävs att spelarna blir bättre och bättre dag för dag. De kommer att lära sig mer och mer. Det är skillnad på allsvenskan och SHL, säger han.
På frågan om det skulle behövas någon spelarvärvning för att laget ska förbättra chansen att undvika kvalspel blir svaret:
– Det är inget vi tränare tänker på. Vår uppgift är att göra spelarna så bra vi kan, det finns inga mirakellösningar, säger Ove Molin.