"Det är oacceptabelt", säger de i ett uttalande.
Schweiz-stjärnan intervjuades i live-tv efter 2–0-segern mot Nordirland när en man stormade fram och hängde på honom en jacka med Kosovos befrielsearmé UCK:s emblem.
Händelsen har väckt stor uppmärksamhet i grannlandet Serbien, som aldrig erkänt Kosovos självständighet.
Enligt det schweiziska förbundet har mannen gripits och fått tillträdesförbud från matcharenan Stade de Genève.
"Det är oacceptabelt att utnyttja fotbollsarenor, och i detta fall en tv-intervju efter matchen, för att sprida politisk propaganda", säger förbundet i ett uttalande.