Den 57-årige tidigare statsministern, som var valberedningens huvudkandidat, vann omröstningen mot Lars-Christer Olsson under lördagens förbundsmöte i Solna.
Reinfeldt, uttalad supporter till Djurgården och tidigare nobbad inval i den allsvenska fotbollsklubbens styrelse, har valts över en mandatperiod på två år.
Han vann omröstningen med siffrorna 143–111.
Norrbotten hade förordat Lars Christer Olsson. Det berättade länets förbundsordförande Robert Lindström i en intervju med Sporten för ett par veckor sedan. Många av de mindre distrikten menar att Olsson är den som bäst kan ena fotbolls-Sverige.
Karl-Erik Nilsson tillträdde som SvFF-ordförande 2012 och avgår i och med förbundsmötet.