Stoppet gäller "med omedelbar verkan" och beslutet har enligt myndigheterna fattats eftersom organisationerna inte har följt den lagstiftning som gäller för deras verksamhet. De uppges ha arbetat utan giltiga tillstånd, har inte registrerat konton eller har inte registrerat sig hos myndigheterna.
Chapter Four-chefen Nicholas Opiyo tillbakavisar uppgifter om att organisationen ska ha agerat olagligt.
EU:s delegation i Uganda betonar i en tweet att civilsamhället är viktigt för landets utveckling:
"Vi ser fram emot att lösa eventuella problem med registrering av organisationer så att detta viktiga arbete kan fortsätta i ett genuint partnerskap som bygger på ömsesidigt ansvar."
Även välgörenhetsorganisationer, religiösa grupper samt miljö- och demokratigrupper stoppas nu från att fortsätta sitt arbete.
Vissa av grupperna deltog i valövervakning i januari, då säkerhetsstyrkor genomförde räder och grep flera ledare.
Yoweri Museveni, som har suttit på presidentposten sedan 1986, vann enligt landets valkommission valet tidigare i år med cirka 59 procent av rösterna. Detta efter en våldsam valrörelse där människorättsgrupper bland annat anklagade säkerhetsstyrkorna för att använda onödigt våld.
Charity Ahimbisibwe, ledare för medborgarkoalitionen för valdemokrati (CCEDU), som också stoppats, säger att regeringens beslut är "extremt olyckligt". Enligt henne har organisationens tillstånd slutat att gälla, men det har inte heller gått att förnya på grund av nedstängningar under coronapandemin.