Flygbasen, varifrån flera attacker mot Ukraina kommer enligt Kiev, har redan attackerats två gånger i december – senast i måndags.
"Luftvärnssystemet har aktiverats i distriktet Engels", säger guvernör Roman Busargin på sociala medier.
Ingen uppges ha skadats i attacken, enligt de ryska uppgifterna som inte bekräftats från annat håll.