Alexander Shipljuk har forskat på hypersoniska stridsrobotar vid den sibiriska avdelningen av den ryska vetenskapsakademin.
Han hålls nu frihetsberövad i Lefortovohäktet i Moskva i väntan på rättegång.
Hypersoniska robotar rör sig i mycket hög fart och kan manövrera i luften, vilket gör dem svårare att spåra och stoppa än andra robotar.
Shipljuk är den tredje ryska forskaren som i sommar gripits misstänkt för förräderi.
I slutet av juni anhölls hans kollega Anatolij Maslov. Han misstänks för att ha läckt statshemligheter om stridsrobotarna till främmande makt. Ungefär samtidigt anhölls också Dmitri Kolker, professor i matematik och laserspecialist. Han anklagades för statsförräderi för att ha samarbetat med kinesisk säkerhetstjänst.