Minst sex personer, samtliga civila, ska ha dödats vid eldgivningen.
Ett tiotal personer skadades när områden nära staden Chaman i Baluchistan besköts. Pakistansk militär hävdar att man bemötte eldgivningen men undvek att angripa civila.
"Pakistan vände sig också till afghanska myndigheter i Kabul för att lyfta frågan om det svåra läget i området" meddelar Pakistans militär.
Enligt vissa uppgifter ska sammandrabbningarna ha utlösts av att afghanska styrkor försökt klippa hål i ett gränsstängsel.
Från afghansk sida meddelas det att en taliban dödades och tio skadades i drabbningen.